第14集～第20集

七人打败恶魔兽后，收到了一个自称「源内」的老人的通信，他希望孩子们来自己所处的服务器大陆打败邪恶的数码兽。在听说搭档数码兽们进一步进化需要徽章与吊坠后，七人朝着服务器大陆进发，在途中的海底洞窟发现并获得了吊坠，在抵达服务器大陆后开始了寻找徽章之旅。

在服务器大陆，率领众多数码兽的猿猴兽正等待着孩子们。太一他们则在猿猴兽的眼皮底下小心翼翼地在各地收集徽章，然而向完全体进化却总是失败。最后以太一克服恐惧，鼓起勇气为契机，徽章终于发动。暴龙兽完成向金属暴龙兽的超进化并成功击败猿猴兽。不过在打败猿猴兽的瞬间发生了次元龟裂，太一和金属暴龙兽被一同吸入进去。

登场数码兽

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  巨鲸兽

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  钻头鼹鼠兽

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  柏古兽

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  加支兽

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  猿猴兽

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  骷髅暴龙兽

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  蛇鸡兽

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  小妖精兽

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  巨龙兽

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  纳米兽

第21集～第28集

被吸入次元龟裂的太一醒来时已经与滚球兽一起回到了东京。日历上显示的竟然还是他们去数码世界旅行的8月1日那天。太一对此感到困惑，但当得知数码世界的异变也会对现实世界造成影响时，他毅然决然再次前往数码世界。

在太一回到现实世界的这段时间，原来数码世界已经过去了两个月。此时伙伴们由于小恶魔兽的离间已经离散了。太一决定一个个找回同伴，重建他们之间的友情，让七人和七兽再次齐心协力。

出动小恶魔兽的是吸血魔兽，他为了削弱被选中的孩子的力量，正企图抹杀在现实世界的第八个孩子。太一等人得知情况后，在源内的帮助下打开了通往人类世界的大门。

登场数码兽

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  小恶魔兽

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  数码蛋兽

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  野菜兽

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  入侵兽

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  贝塔兽

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  蝌蚪兽

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  怪蛙兽

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  老爷怪蛙兽

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  吸血魔兽

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  邪龙兽

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  什么兽

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  毒蜘蛛兽

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  黄蜂兽

第29集～第39集

回到人类世界的太一他们前往了吸血魔兽军团出现的光丘。在那里他们得知自己在四年前全都住在过光丘，幼时所看到的「怪兽」其实是出现在人类世界的数码兽。终于得知太一的妹妹小光是第八个孩子，而且她的搭档数码兽就是吸血魔兽的部下——迪路兽。

吸血魔兽得知迪路兽是第八个搭档数码兽后，用雾结界封锁了台场一带。里面的人类被关在一个地方，让被抓住的迪路兽开始一个个地验明孩子们的身份。小光在吸血魔兽面前挺身而出，自己的力量让迪路兽进化成了天女兽。而且天女兽和天使兽的神圣力量让亚古兽和加布兽进化成了战斗暴龙兽和金属加鲁鲁兽，凭借两兽的力量终于击败了究极体的怨毒吸血魔兽。

登场数码兽

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  猛犸兽

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  墨鱼兽

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  烂泥兽

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  死亡火焰兽

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  顽石兽

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  南瓜兽

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  巫师兽

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  黑暗巨龙兽

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  幻影兽

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  百万海龙兽

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  锯齿兽

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  长牙兽

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  狙击兽

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  怨毒吸血魔兽

第40集～第47集

在孩子们回到东京的数日间，数码世界的扭曲扩大，终于在人类世界的上空出现了像是逆向大陆的异常空间。孩子们得知这样下去恐将危及人类世界，于是他们再次前往数码世界。

此时的数码世界已经被名为黑暗四天王的四位究极体数码兽扭曲，形成了一座巨大的螺旋山。太一他们向黑暗四天王挑战，艰难打败其中之一的金属海龙兽，但以巨鲸兽为首付出了相当大的代价。战斗中不断有很多数码兽牺牲，对此深感悲痛的美美和丈决定分开行动。因为岳的成长而对自己的生活态度感到迷失的大和也离队而行。太一一行人则相信他们一定会再次会合而挑战匹诺曹兽，在大和的帮助下终于将其击破。

登场数码兽

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  金属海龙兽

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  匹诺曹兽

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  无限龙兽

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  小丑兽

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  奇虾兽

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  半鱼兽

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  几维鸟兽

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  华丽兽

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  树灵兽

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  垃圾桶兽

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  鹦鹉兽

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  枯木兽

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  金属猿猴兽

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  剑狮兽

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  蘑菇兽

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  佛罗拉兽

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  巨花兽

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  红菜兽

第48集～第54集

即使孩子们走的路不同但大家的目的地都是螺旋山的山顶。太一他们在城市区域击败了无限龙兽，找到战斗目的的美美则开始在各地募集抵抗黑暗四天王的数码兽伙伴。大和也因为与加布兽的友情而再次找回自我。在山顶等待的小丑兽是使用奇术的强敌，但凭借超进化后的神圣天使兽的力量以及在美美带来的数码兽伙伴的协助下终于将其击破。

当大家都以为数码世界再次恢复和平时，收到了来自源内老人的通信，原来造成数码世界歪斜扭曲的元凶还没有被根除。其存在正是扭曲世界的黑暗——启示录兽。对于八个被选中的孩子来说，终于迎来了最后的战斗。

登场数码兽

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  齿轮兽

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  守卫机器人兽

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  机械载物兽

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  百万龙兽

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  千兆龙兽

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  坦克兽

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  恶门左卫兽

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  灾厄兽

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  女恶魔兽

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  启示录兽

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  启示录兽（本体）