神将来袭！站起来吧驯兽师！

情报管理局的山木为了一口气消灭野生一号，完成了更强的删除程序「夏盖（Shaggai）」。但是被夏盖创造的空间洞穴「夏盖洞穴（Shaggai Hole）」中出现了未曾有过的强力数码兽迷企罗兽。虽然基尔兽进化成完全体大古拉兽经过苦战暂时击退了他，但紧接着珊底罗兽、真达罗兽同级别的数码兽一个接一个出现。他们自诩神的奴仆「神将（Deva）」，带着一定目的开始行动。

启人和建良、留姬一起决定作为「数码兽驯兽师」为了守护世界而战。随着梗犬兽和狐狸兽不断进化，启人开始思考数码兽们的进化是不是跟古乐兽有关。另一方面，知道启人他们活跃的同学树莉非常憧憬能成为驯兽师，为了让时不时实体化的狮子兽成为自己的搭档而展开猛烈攻势。

就在此时，超大型神将毗羯罗兽出现在了明治大街，大闹意图破坏新宿街道。面对集中三个完全体数码兽的力量都无法阻止的敌人，情报管理局也出手了，他们发动了改良型夏盖，然而该系统本身被神将劫持，事态发展到最危险的地步。好在驯兽师们通过与搭档们齐心协力总算击退了毗羯罗兽，但劫持了夏盖的神将摩虎罗兽将古乐兽带去了数码世界。原来古乐兽正是他们所寻找的「掌握着进化关键的数码兽」。为了救出古乐兽，启人决心前往数码世界。

登场数码兽

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  黑暗蜥蜴兽

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  迷企罗兽

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  真达罗兽

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  珊底罗兽

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  波夷罗兽

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  伐折罗兽

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  因达罗兽

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  宫毗罗兽

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  摩虎罗兽

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  毗羯罗兽

寻找古乐兽！突入数码世界！

被狮子兽承认为驯兽师的树莉再加上启人的卡友博和与健太，驯兽师一行人在基尔兽之家地下发现了入口并进入数码世界。数码世界的构造颠覆了现实世界的常识，转眼间留姬和狐狸兽、博和、健太就和其他伙伴分散了。四人最终与别的驯兽师遭遇。他就是10个月前就在数码世界旅行的阿辽，是前一年的数码兽大赛的冠军。

多亏了阿辽一行人总算会合，但此时出现了狙击驯兽师的究极体魔王数码兽别西卜兽。他是对自己的无力绝望的小妖兽与神将签订契约后进化的形态。但是受现实世界夏盖启动的影响，数码世界刮起了暴风，在没有分出高下的情况下别西卜兽散去。

启人他们被吹到了一个水世界「Water Space」，在那里三人与初期参加数码兽计划的野生小组成员SHIBUMI相遇。从SHIBUMI那里得知数码兽与方舟以及数码精灵的关系。而基尔兽原本也只不过是单纯的数据这样的事实摆在了启人面前。

另一方面，在现实世界建良的妹妹小春被数码领域（Digital Field）卷入消失。来到数码世界的小春与神将之一的安底罗兽变得很要好……

登场数码兽

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  马铃薯兽

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  公公兽

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  婆婆兽

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  巧洛兽

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  时钟兽

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  泥人兽

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  稻草人兽

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  狗狗兽

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  摩仁罗兽

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  招杜罗兽

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  烟云兽

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  大蛇兽

合二为一！奇迹的究极进化

启人他们从小春的搭档垂耳兔兽那里得知古乐兽是被运到了朱雀兽那里，但一行人再次受到别西卜兽袭击。狮子兽打算阻止别西卜兽的行凶却不幸被其吸收数据。就像回应气到发抖的启人的声音一样，大古拉兽进化成了究极体灭世龙兽，然而该形态却是由于憎恨而暴走的黑暗进化。由于灭世龙兽和别西卜兽的激斗，数码世界面临崩溃的危机。启人对于让基尔兽进行了错误的进化而道歉，取回了与基尔兽真正的纽带，他们齐心协力终于进化成了真正的究极体公爵兽，最终击败了别西卜兽。

启人一行人好不容易来到朱雀兽身边，但是朱雀兽不允许数码兽与人类一起进化，不打算倾听启人他们的解释。制止这场冲突的是另一尊四圣兽青龙兽。青龙兽向启人他们告知真正的敌人在其他地方。朱雀兽认为为了对抗真正的敌人必须要古乐兽所拥有的进化之光。

真正的敌人「D-Reaper」不良人工智能驱除程序独自进化的存在，凭借四圣兽的力量也无法阻止。为了与这样的威胁作战，古乐兽终于发动了自己真正的力量「闪耀进化（Shining Evolution）」。纷纷进化成究极体的数码兽集结在四圣兽麾下，准备迎击D-Reaper。另一方面，在现实世界为了救出孩子们，山木在原野生小组成员的协助下完成了脱离数码世界的方舟并送进了数码世界。阿辽、古乐兽和小妖兽也乘上了方舟，启人一行人终于实现了回归现实世界。但是就在大家沉浸在与家人重逢的喜悦中，树莉却没有家人来……

登场数码兽

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  灭世龙兽

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  朱雀兽

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  玄武兽

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  白虎兽

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  凤凰兽

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  巨大锹形虫兽

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  螺栓兽

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  河豚兽

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  蛇颈龙兽

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  狮鹫兽

守护世界！与D-Reaper之战

启人他们一回到现实世界，D-Reaper就出现在了西新宿并覆盖了街道，连自卫队都抵挡不住。为了应对威胁，和家人一起在亲戚家避难的启人和留姬、健良在新宿集结。但是在现实世界，驯兽师无法与数码兽一体化进化成究极体。此时，进化成疾风形态的别西卜兽出现在陷入苦战的大古拉兽他们面前。取回自己与驯兽师纽带的小妖兽，发誓要为了守护重要之物而战斗。

在杜宾犬兽的帮助下，启人他们接受了来自四神兽的力量，终于与搭档们一起进化成了究极体。而阿辽、博和、健太也赶到了新宿。另一方面，被D-Reaper拖进泡泡中的启人和基尔兽在那里遇到了从长野突然消失的树莉。然而那并不是真正的树莉，而是D-Reaper模仿陷入失去狮子兽的悲伤的树莉而创造的分身（Agent）之一。

真正的树莉被D-Reaper捉到了核心球体（Kernel Sphere）处。别西卜兽和古乐兽打算救出她，但是树莉封闭内心，坚硬的外壳无法被打破。更糟糕的是，D-Reaper将树莉想到被别西卜兽吸收的狮子兽产生的悲伤转化为力量并急速扩大势力。公爵兽他们也不得已撤退。

作为最后的手段，驯兽师们执行了野生小组研究的突入D-Reaper区域内部的作战计划。最终他们能拯救世界吗？

登场数码兽

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  杜宾犬兽